Dynamique structurelle des variants du SARS-CoV-2 : une stratégie de veille sanitaire pour anticiper les épidémies de Covid-19

L’équipe du Professeur Jacques Fantini (INSERM et Aix-Marseille Université, Marseille, France) vient de publier dans la revue scientifique « Journal of Infection » une étude de la dynamique structurelle des variants du SARS-CoV-2 afin d’adapter une veille sanitaire pour anticiper les épidémies de Covid-19: https://www.journalofinfection.com/article/S0163-4453(21)00281-4/fulltext#%20

Voici la conclusion de leur recherche marquant une grande avancée pour anticiper les épidémies de Covid-19 :

« La pandémie de Covid-19 a été marquée par des épidémies soudaines de variants du SRAS-CoV-2 abritant des mutations à la fois dans les domaines N-terminal (NTD) et de liaison au récepteur (RBD) de la protéine de pointe. L’objectif de cette étude était de prédire la transmissibilité des variants du SRAS-CoV-2 à partir des données de séquences génomiques.

Nous avons utilisé une stratégie de modélisation moléculaire basée sur une cible combinée à une analyse du potentiel de surface des NTD et RBD.

Nous avons observé que les deux domaines agissent en synergie pour assurer une adhésion virale optimale, ce qui explique pourquoi la plupart des variants présentent des mutations concomitantes dans le RBD et dans le NTD. Certains modèles de mutation affectent l’affinité de la protéine de pointe pour l’ACE-2. Cependant, d’autres motifs augmentent la surface électropositive de la pointe, avec des effets déterminants sur la cinétique d’adhésion du virus aux gangliosides du radeau lipidique. Sur la base de cette nouvelle vision de la dynamique structurelle des variants du SRAS-CoV-2, nous avons défini un indice de transmissibilité (T-index) calculé à partir des paramètres cinétiques et d’affinité de la liaison du coronavirus aux cellules hôtes.

Le T-index est caractéristique de chaque variant et prédictif de sa dissémination dans les populations animales et humaines.

Le T-index peut être utilisé comme stratégie de surveillance de la santé pour anticiper les futures épidémies de Covid-19 en raison de l’émergence de variants préoccupants « 

Cet article reprend et développe les concepts présentés lors de la conférence à l’IHU de Marseille par Jacques Fantini : https://www.bernardsudan.net/sars-cov-2-covid-19-et-variants-le-decryptage-eclaire-du-pr-jacques-fantini/

Cette nouvelle manière de voir la compétition entre les différents variants prend en considération des paramètres précédemment négligés (potentiel de surface, cinétiques de l’infection).  

L’équipe de Jacques Fantini commence à modéliser les variants pour étudier leur pathogénicité et son objectif est d’évaluer pour chaque variant, dès son apparition, son infectivité, sa sensibilité aux anticorps neutralisants et sa pathogénicité.

Bernard Sudan

Ex Chef de laboratoire en toxicologie et pharmacologie LabHead Ciba-Geigy, CIBA, Novartis, Bâle, 1975-2006 Research Nicotine as a hapten in seborrheic dermatitis, The Lancet, British Medical Journal, British Journal of Dermatology, Food and Chemical Toxicology, "Nicotine and Immunology" in Drugs of Abuse and Immune Function Ronald R. Watson ed. https://www.dermiteseborrheique.net https://blogs.mediapart.fr/bernard-sudan/blog/110720/dermite-seborrheique-et-fiasco-de-la-recherche-en-dermatologie https://blogs.mediapart.fr/bernard-sudan/blog/170818/de-1887-2020-l-effondrement-du-dogme-de-la-dermite-seborrheique https://www.bernardsudan.net/ https://www.youtube.com/channel/UCeQB3vdsKeZU-E0zORZr0vQ?view_as=subscriber