De potentiels inhibiteurs Covid-19 dans l’ortie (Urtica dioica L.)

Des chercheurs indiens viennent de publier récemment leurs travaux concernant l’identification de plusieurs molécules de l’ortie piquante Urtica dioica L. capables de bloquer l’arrimage du virus au niveau du récepteur ACE-2 : https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7781418/

En effet, l’enzyme de conversion de l’angiotensine 2 (ACE-2), un récepteur humain qui facilite l’entrée du SRAS-CoV-2, sert de cible de premier plan pour la découverte de médicaments. Aussi, ils ont cherché et trouvé des inhibiteurs puissants du récepteur de l’ACE-2 dans l’ortie piquante.

On peut ainsi voir dans leur publication l’action du phosphate de chloroquine en comparaison avec l’action des composants de l’ortie piquante Urtica dioica dont la rutine qui est très proche chimiquement de la quercétine, potentiellement déjà conseillée en prévention et que l’on retrouve dans les oignons :

Visuels des interactions d’amarrage de la molécule de ligand de phosphate de chloroquine. une interaction 3D pose du ligand avec 1R4L. b Interactions 2D du ligand avec 1R4L
Interactions d’amarrage montrant de nouvelles interactions de liaison avec le score d’amarrage le plus élevé (énergie de liaison de – 12,2 à – 9,4 kcal / mol)

Le résumé de leur publication résume bien le fort potentiel de l’ortie piquante pour bloquer l’entrée du virus SARS-CoV-2 :

Abstract

The pandemic outbreak of coronavirus (SARS-CoV-2) is rapidly spreading across the globe, so the development of anti-SARS-CoV-2 agents is urgently needed. Angiotensin-converting enzyme 2 (ACE-2), a human receptor that facilitates entry of SARS-CoV-2, serves as a prominent target for drug discovery. In the present study, we have applied the bioinformatics approach for screening of a series of bioactive chemical compounds from Himalayan stinging nettle (Urtica dioica) as potent inhibitors of ACE-2 receptor (PDB ID: 1R4L). The molecular docking was applied to dock a set of representative compounds within the active site region of target receptor protein using 0.8 version of the PyRx virtual screen tool and analyzed by using discovery studio visualizer. Based on the highest binding affinity, 23 compounds were shortlisted as a lead molecule using molecular docking analysis. Among them, β-sitosterol was found with the highest binding affinity – 12.2 kcal/mol and stable interactions with the amino acid residues present on the active site of the ACE-2 receptor. Similarly, luteoxanthin and violaxanthin followed by rutin also displayed stronger binding efficiency. We propose these compounds as potential lead candidates for the development of target-specific therapeutic drugs against COVID-19.

Résumé

L’épidémie pandémique de coronavirus (SRAS-CoV-2) se propage rapidement à travers le monde, il est donc urgent de développer des agents anti-SRAS-CoV-2. L’enzyme de conversion de l’angiotensine 2 (ACE-2), un récepteur humain qui facilite l’entrée du SRAS-CoV-2, sert de cible de premier plan pour la découverte de médicaments. Dans la présente étude, nous avons appliqué l’approche bio-informatique pour le criblage d’une série de composés chimiques bioactifs de l’ortie de l’Himalaya (Urtica dioica) en tant qu’inhibiteurs puissants du récepteur ACE-2 (PDB ID: 1R4L). L’arrimage moléculaire a été appliqué pour ancrer un ensemble de composés représentatifs dans la région du site actif de la protéine du récepteur cible à l’aide de la version 0.8 de l’outil d’écran virtuel PyRx et analysé à l’aide du visualiseur de Discovery Studio. Sur la base de l’affinité de liaison la plus élevée, 23 composés ont été présélectionnés en tant que molécule principale en utilisant l’analyse d’amarrage moléculaire. Parmi eux, le β-sitostérol a été trouvé avec l’affinité de liaison la plus élevée – 12,2 kcal / mol et des interactions stables avec les résidus d’acides aminés présents sur le site actif du récepteur ACE-2. De même, la lutéoxanthine et la violaxanthine suivies de la rutine ont également montré une efficacité de liaison plus forte. Nous proposons ces composés comme candidats potentiels de premier plan pour le développement de médicaments thérapeutiques spécifiques à une cible contre COVID-19.

Bernard Sudan

Ex Chef de laboratoire en toxicologie et pharmacologie LabHead Ciba-Geigy, CIBA, Novartis, Bâle, 1975-2006 Research Nicotine as a hapten in seborrheic dermatitis, The Lancet, British Medical Journal, British Journal of Dermatology, Food and Chemical Toxicology, "Nicotine and Immunology" in Drugs of Abuse and Immune Function Ronald R. Watson ed. https://www.dermiteseborrheique.net https://blogs.mediapart.fr/bernard-sudan/blog/110720/dermite-seborrheique-et-fiasco-de-la-recherche-en-dermatologie https://blogs.mediapart.fr/bernard-sudan/blog/170818/de-1887-2020-l-effondrement-du-dogme-de-la-dermite-seborrheique https://www.bernardsudan.net/ https://www.youtube.com/channel/UCeQB3vdsKeZU-E0zORZr0vQ?view_as=subscriber